Chinami Ebihara ist ein Mädchen mit der außergewöhnlichen Fähigkeit elektromagnetische Wellen zu produzieren, wenn ihre Emotionen außer Kontrolle geraten. Da diese Fähigkeit jedoch alles Elektrische beeinträchtigt, musste sie seit ihrer Kindheit laufend die Schule wechseln. Als sie als achtzehnjährige wieder in eine neue Schule transferiert, beeinflusst sie wieder einmal die elektrischen Geräte, jedoch wird sie dabei von ihrem Mitschüler Kotaro Kannagi beobachtet, der nun besessen davon ist, ihre TYPE-E Fähigkeit zu erforschen.
In der zweiten Staffel von Da Capo II wird die Geschichte von Yoshiyuki und seinem Harem fortgeführt. Einmal mehr steht das Alltagsleben der Charaktere im Vordergrund und auch der eine oder andere Beziehungskonflikt gibt sein Stelldichein. Das Hauptaugenmerk richtet sich diesmal auf die beiden \”Schwestern\” (Yume und Otome) von Yoshiyuki.
Da Capo II spielt wieder auf der Insel der ewig blühenden Kirschblütenbäume, aber ganze 53 Jahre nach dem Ende von Da Capo I - D.h. also, dass die bekannten Charaktere aus den ersten beiden Serien nicht mehr auftauchen (mit zwei Ausnahmen). Zwar haben viele Charaktere eine gewisse Ähnlichkeit mit ihren Vorfahren, aber es handelt sich trotzdem um einen komplett neuen Cast. Im Vordergrund stehen diesmal Yoshiyuki Sakurai und sein Schulleben, bei dem natürlich wieder eine Menge Mädchen eine wichtige Rolle spielen, u.a. die Schwestern Yume und Otome, Enkelinnen der beiden Helden aus Da Capo I.
Die Schulzeit von Tomoya, Nagisa und ihren Freunden neigt sich langsam aber sicher dem Ende zu. Die \”After Story\” setzt kurz nach dem Ende der ersten Clannadstaffel ein und verfolgt das weitere Leben der Charaktere auch bis in die nachschulische Zeit. Die Charaktere fragen sich, wie es nun nach der Schule weitergehen soll. Welche Antwort werden sie in ihrem neuen Lebensabschnitt auf die Frage finden?
Clannad spielt in einer Oberschule, in einer nicht namentlich erwähnten japanischen Stadt. Okazaki Tomoya ist im 3. Jahr und nimmt die Schule nicht sehr ernst. Er kommt immer zu spät und wird von seinen Klassenkameraden, die mit den Vorbereitungen für ihre Aufnahmeprüfungen für die Universität beschäftigt sind, als ständiger Störenfried gesehen. Aus diesem Grund hat er auch kaum Freunde dort.
Tomoya scheint das jedoch wenig zu interessieren – bis er eines Tages ein Mädchen, Furukawa Nagisa, trifft, dass ebenfalls keine Freunde hat, da alle, die sie kannte, bereits von der Schule abgegangen sind. Er hält sie zunächst für sehr tollpatschig und schwerfällig, doch er schafft es nicht sich von ihr zu lösen und trifft so, während er ihr hilft, immer mehr Mädchen aus der Schule. Obwohl er sich anfangs wenig für sie interessiert, öffnet er sein Herz immer weiter, je besser sie sich kennen lernen.
Ein Monat ist seit den Ereignissen der ersten Staffel vergangen. Langsam kehrt wieder Normalität ein und auch Birdy und Tsutomu verbringen ruhigere Tage.
Das ändert sich, als eine Gruppe krimineller Außerirdischer, die Verbindung zum Ryunka-Zwischenfall haben, aus der Gefangenschaft ausbricht und auf der Erde Unterschlupf sucht. Für Birdy bedeutet das eine neue Mission, die sie, je weiter sie ermittelt, immer mehr in ihre Vergangenheit führt, in der es auch zum folgenschweren Wiedersehen mit alten Bekannten kommt.
In - On the Way to a Smile - erzählt der zehnjaehrige Denzel in einem Gespraech mit Reeve Tuesti seine Geschichte vom Tod seiner Eltern bei der Explosion in Reaktor 7, wie er sich bis zur Ankunft von METEOR in den Slums von Midgar rumgeschlagen hat, bis hin zu seinen ersten Kontakten mit der toedlichen Krankheit Geostigma. All diese Schicksalsschläge haben den jungen Denzel sehr mitgenommen, der nur dank Cloud Strife und Tifa Lockheart wieder ins Leben zurueckgefunden hat.