Ein Jahr nach Godzillas Niederlage gegen Mechagodzilla taucht Rieseninsekt Mothra auf und warnt die Menschheit mittels ihres Sprachorgans, der singenden Zwillinge, vor jedem weiteren Gebrauch des auf Knochen des originalen Godzillas basierenden Roboters. Das Militär will naturgemäß nicht hören und setzt auch das nächste mal, als Godzilla in aggressiver Absicht den Fluten entsteigt, auf Mechagodzilla. Als der plötzlich schlapp macht, ruhen alle Hoffnungen der angstschlotternden Menschheit auf Mothra.

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