Der Film spielt zu der Zeit als Shinichi noch ein Schüler war.
Seine Klasse plant einen Schulausflug auf einem Boot zu unternehmen. Shinichi lehnt zuerst ab, erhält jedoch noch am gleichen Tag einen Brief von einem Unbekannten. Dieser droht mit einer Entführung auf Wasser und fordert Shinichi auf, ihn zu stoppen. Von der Idee einer Entführung auf einem Boot gereizt, nimmt er die Aufgabe an.
Trotz Maßnahmen gelingt es dem Täter einen Schüler zu entführen. Nachdem es sich dabei auch noch um Sonoko handelt, muss Shinichi all seine detektivischen Kenntnisse mobilisieren, um Sonoko zu finden und den Rest der Gruppe zu beschützen.